PJR-D0KF exec run --register の既定を worktree にし、in-place を明示指定にする

1. 概要

exec run --register は既定で in-place に実行される。in-place の実行中にメインの作業ツリーで commit すると HEAD 検査（agent-git-state-write）で成功した作業が waiting になり、失敗時の変更が作業ツリーに残って後続の実行も止まる（2026-10-04 の PJR-SMET）。worktree なら作業ツリーが分かれ、失敗時の隔離と --resume が使える。既定を worktree にし、in-place は明示指定にする

2. 完了条件

• exec run --register の既定の実行場所を、.specdojo/exec-defaults.yaml で設定できるようにし、本プロジェクトの既定を worktree にする。設定がない利用リポジトリでの既定（in-place のままにするか）は、互換性への影響を評価して決め、記録する。
• in-place で実行したい場合の明示指定（例: --in-place）を追加し、--worktree と同時に指定した場合はエラーにする。
• --register-commit・--resume・--force-restart など、実行場所に依存するオプションの扱いを、既定の変更後も矛盾しないように整理する。
• worktree の準備時間が見合わない小さな作業向けに、in-place を選ぶ基準を exec 運用ガイドに書く。あわせて、プロジェクト単位の exec-run.lock により worktree でも別の exec run は同時に起動できず、並行は1コマンドの --parallel で行うことを明記する。
• 対話型 orchestrator（.claude/agents/specdojo-orchestrator.md などの SSOT と各環境のラッパー）の提案を新しい既定にそろえる。
• unit test で、設定の既定、--in-place の明示、--worktree との同時指定のエラーを検証する。
• npm run check が通る。

3. 作業内容

No	作業	担当	状態	メモ
1	既定の設定方法と互換性の方針を決める	DEV	done	未設定時は in-place を維持
2	CLI と exec-defaults の実装	DEV	done	project 既定は worktree
3	運用ガイド、コマンドリファレンス、orchestrator の更新	DEV	blocked	orchestrator 正本は読み取り専用

4. 対応結果

• .specdojo/exec-defaults.yaml に run.register_execution: worktree を反映した。設定未指定の利用リポジトリは互換性のため従来どおり in-place とする。
• CLI に --in-place を追加し、--worktree との同時指定をエラーにした。両フラグは設定値を上書きし、worktree モードに依存する --parallel / --join / --resume / --force-restart と、in-place 専用の --register-commit は解決後のモードで判定する。
• exec 運用ガイド、登録簿運用ガイド、コマンドリファレンス、exec 設定ガイドを新しい既定にそろえた。
• 設定の既定・上書き、--in-place、--worktree との同時指定を unit test に追加した。
• 残課題: orchestrator の SSOT .agents/specdojo-orchestrator.agent.md は executor のファイル権限で読み取り専用となり、編集が拒否された。書き込み権限を持つ runner または人が「タスク実行」の例から --worktree を外し、run.register_execution に従うことと小さな作業だけ --in-place を明示する基準を追記した後、npm run orchestrator:sync で各環境ラッパーへ反映する。

5. 関連ドキュメント

• prj-0001:pjr-smet-register-stale-block-reason: in-place の実行中の commit で HEAD 検査に止められた実行。
• specdojo:exec-operation-guide: worktree と in-place の使い分けの説明。